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治疗真菌性角膜溃疡主要是抗真菌剂，两性霉素0.25%使用乙（注射毒品球结膜下易致结膜坏死临床要特别注意） ，布朗的阿霉素眼膏，眼膏制霉菌素和10%氟康唑， 1%咪康唑，克霉唑1%每日3-4次，如眼睛和全身抗真菌药物。全身性类固醇，无论是单独使用，或部分，是禁忌，因为许多疾病引起的炎症，虹膜，应始终注意瞳孔散大。
穿透性角膜移植术是比较积极的，近年来，手术治疗，有迹象表明药物治疗无效，或角膜溃疡穿孔，发生眼内容脱垂或严重并发症，如继发性青光眼，为了节省的眼睛，并采取一个物种肢手术可能是由于纵向生长的真菌菌丝体，加上真菌毒素，蛋白分解酶的作用可溶性抗原真菌，真菌菌丝生长深，甚至侵入眼内手术难以摆脱真菌性眼清洁因此，患者经常复发。因此，没有任何迹象表明手术，将重点放在治疗第一抗真菌药。
中医这种疾病多因所产生的高温热处理区分重点，选择清热祛湿的药物，常用的处方磙湿汤，如饮甘露。此外，使用中药治疗熏蒸或雾化。